Kabupaten Nagekeo tergolong daerah yang beriklim tropis dan terbentang hampir sebagian besar padang rumput yang ditumbuhi pepohonan seperti kemiri, asam, kayu manis, lontar, mahoni, sengon, jati,dsb serta kaya dengan fauna antara lain hewan – hewan besar, hewan kecil, binatang menjalar dan binatang liar. Kabupaten Nagekeo bertopografi dari dataran, berbukit sampai gunung-gunung, dengan puncak tertinggi pada gunung Ebulobo ± 2.149 meter dpl. Kemiringan lahan yang berpotensi untuk pengembangan tanaman pangan dengan persentase 0% sampai dengan 15% seluas 27.071 ha atau 22 % dari luas wilayah yang sebagaian besar belum mempunyai irigasi teknis yang  memadai. Sungai  Aesesa  dengan  debit  +7 M3/detik pada musim hujan dan +3 M3/detik pada musim kemarau merupakan sumber irigasi utama pada areal persawahan Mbay yang juga merupakan pusat Pemerintahan Kabupaten Nagekeo. Iklim di Kabupaten Nagekeo cenderung ekstrim dengan rata-rata 4 (empat) bulan basah yaitu bulan Oktober sampai dengan Januari dan 8 (delapan) bulan kering yaitu bulan Pebruari sampai dengan September. Struktur tanah umumnya adalah vulkanis muda, dengan klasifikasi tanah terdiri dari Mediteran, Latosol, Litosol dan Aluvial.