Kabupaten Nagekeo terletak di antara 8º26΄00΄ – 8º64΄40″ Lintang Selatan dan 121º6΄20″ – 121º32΄00″. Luas wilayah Kabupaten Nagekeo 1.416,96 km². Utara berbatasan dengan Laut Flores, Selatan dengan Laut Sawu, Barat dengan Kabupaten Ngada dan Timur dengan Kabupaten Ende.